周旸介绍，目前仍然保留在Y染色体上的基因，除了与睾丸发育、精子形成的过程有关外，还参与到一些更广泛的细胞生物学过程（如泛素化、转录翻译起始等）中。相信这些重要的功能在一定程度上阻止了Y染色体的进一步退化。虽然Y染色体在演化过程中无法像常染色体一样和它的同源染色体X进行染色体对之间的同源重组，但是Y染色体上存在“回文”序列，能使基因在“回文”序列间进行同源重组，可以在一定程度上解决有害突变积累的问题。
当然，其实自然界中也确实存在Y染色体完全丢失的物种，如奄美刺鼠。周旸说：“这个物种的Y染色体已经完全丢失，但其实它们仍然存在雄性和雌性两种性别。科学家在这个物种的雄性个体中发现，其3号染色体的Sox9基因的上游产生了一个雄性特异的增强子调控元件，可能可以在SRY缺失的情况下促进Sox9的表达，进而促进睾丸的形成。”
