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通过观察排便的次数、质地、形状、气味等，可以大致判断肠道菌群的微生态平衡情况。排便次数太少（比如每周只有一两次）、大便干硬导致排便困难、大便不成型、排便次数太多（比如每天三次或更多）、气味太臭等，都很可能与肠道菌群失调有关。随着老年期来临，肠道菌群中双歧杆菌的势力日渐式微，腐败菌肆意猖獗，不但便秘更常见，而且粪便会发出比年轻时更臭的气味。
一般地，成年人每天排放10~15个屁，大约排放100～150毫升气体。这些气体要么是随吞咽进入消化道的空气（与健康无关），要么是食物残渣被肠道菌群发酵或腐败产生的。肠道菌群利用食物残渣中的糖类（主要是膳食纤维和低聚糖）产生没有臭味的二氧化碳、甲烷、氢气等。粗粮、豆类、薯类、洋葱、萝卜、胡萝卜等富含膳食纤维或低聚糖食物，往往会使肠道气体（屁）明显增加，且通常是不臭的，即所谓“响屁不臭”。此类气体对健康基本是无害的，虽然有可能让人觉得腹部胀气，但即使吸收进入血液也无害，多一点儿少一点儿都没有健康问题。
肠道菌群分解食物残渣中的蛋白质产生有恶臭气味的气体，如硫化氢、吲哚、氨、粪臭素、胺等，它们量很少，但臭味十足，“臭屁不响”是也。正常情况下，这种腐败作用产生的恶臭气体很少，但如果摄入蛋类、肉类和鱼虾等高蛋白食物过多，有一些蛋白质没有被小肠完全消化吸收，进入大肠之后就会明显增加肠道菌群的腐败作用，产生较多恶臭气体，让大便或屁变得很臭。此类恶臭气体或多或少都有一点毒性，吸收进入血液需要肝脏解毒处理，一旦过多就有可能引起健康问题，影响肝肾功能，所以要尽量避免。
还有一种常见情况是，老年人、消化道疾病患者小肠消化吸收能力减弱，即使摄入蛋白质食物不是很多，也会有一些未被消化吸收的蛋白质进入大肠，并在肠道菌群作用下产生臭气。
肠道菌群检测除了观察排便和排气（屁）之外，现在有些检测机构开展肠道菌群检测，可以了解肠道菌群情况，但目前正规医院开展不多。促进肠道菌群平衡的饮食措施。
全谷物（粗杂粮、杂豆等）、蔬菜水果、薯类、豆类、坚果等富含膳食纤维的食物有助肠道菌群平衡。膳食纤维在小肠无法消化吸收，进入大肠后促进大肠内的菌群发酵，产生一些短链脂肪酸（如乙酸、丙酸、丁酸等），后者形成结肠内的酸性环境，有利于有益菌（如双歧杆菌、乳酸菌等）的繁殖生长，不利于有害菌（如腐败菌等）的繁殖生长，从而调节肠道菌群平衡。
蔬菜水果是膳食纤维的重要来源。膳食纤维含量最多的蔬菜有鱼腥草（折耳根）、黄花菜（金针菜）、秋葵、毛豆、牛肝菌、彩椒、香菇、豌豆、春笋、南瓜等。膳食纤维含量最多的水果有酸枣、梨、红玉苹果、椰子肉、桑葚、橄榄、冬枣、人参果、芭蕉和大山楂等。糙米、全麦粉、燕麦、玉米、高粱米、藜麦、青稞、红豆、绿豆等粗粮膳食纤维含量也很丰富。
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